Ｐ仔的美食天地: 2012

Burrows-Wheeler Aligner (BWA)是一款開放原始碼的aligner
也是很多人會使用的NGS alignment程式
安裝BWA其實非常簡單

1.首先連上BWA的網站,進入下載頁面

選一個你想下載的版本,複製連結

2.輸入 wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.6.2.tar.bz2/download

檔案非常小很快就可以下好

3.解壓縮下載好的壓所檔

tar -jxvf bwa-0.6.2.tar.bz2

4.進入解壓縮好的資料夾

cd bwa-0.6.2

5.編譯

make

但是編譯的過程中可能也會碰到下面的錯誤

錯誤訊息如下:

gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwa.c -o bwa.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bamlite.c -o bamlite.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD utils.c -o utils.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwt.c -o bwt.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwtio.c -o bwtio.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwtaln.c -o bwtaln.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwtgap.c -o bwtgap.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bntseq.c -o bntseq.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD stdaln.c -o stdaln.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwaseqio.c -o bwaseqio.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwase.c -o bwase.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD kstring.c -o kstring.o
ar -csru libbwa.a bwa.o bamlite.o utils.o bwt.o bwtio.o bwtaln.o bwtgap.o bntseq .o stdaln.o bwaseqio.o bwase.o kstring.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD QSufSort.c -o QSufSort.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwt_gen.c -o bwt_gen.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD is.c -o is.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwtmisc.c -o bwtmisc.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD bwtindex.c -o bwtindex.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD ksw.c -o ksw.o
在包含自 ksw.c：29 的檔案中:
/usr/lib/gcc/i686-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:32:3: 錯誤：#error "SSE 2 instruction set not enabled"
ksw.c:43: 錯誤：expected specifier-qualifier-list before 「__m128i」
ksw.c: In function 「ksw_qinit」:
ksw.c:55: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「qp」的成員
ksw.c:55: 錯誤：「__m128i」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:55: 錯誤：(即使在一個函式內多次出現，每個未宣告的識別碼在其
ksw.c:55: 錯誤：所在的函式內只報告一次。)
ksw.c:55: 錯誤：expected expression before 「)」 token
ksw.c:56: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「H0」的成員
ksw.c:56: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「qp」的成員
ksw.c:57: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「H1」的成員
ksw.c:57: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「H0」的成員
ksw.c:58: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「E」的成員
ksw.c:58: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「H1」的成員
ksw.c:59: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「Hmax」的成員
ksw.c:59: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「E」的成員
ksw.c:73: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「qp」的成員
ksw.c:82: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「qp」的成員
ksw.c: In function 「ksw_sse2_16」:
ksw.c:98: 錯誤：「__m128i」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:98: 錯誤：expected 「;」 before 「zero」
ksw.c:110: 錯誤：「zero」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:110: 警告：隱含宣告函式「_mm_set1_epi32」
ksw.c:111: 錯誤：「gapoe」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:111: 警告：隱含宣告函式「_mm_set1_epi8」
ksw.c:112: 錯誤：「gape」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:113: 錯誤：「shift」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:114: 錯誤：「H0」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:114: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「H0」的成員
ksw.c:114: 錯誤：「H1」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:114: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「H1」的成員
ksw.c:114: 錯誤：「E」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:114: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「E」的成員
ksw.c:114: 錯誤：「Hmax」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:114: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「Hmax」的成員
ksw.c:117: 警告：隱含宣告函式「_mm_store_si128」
ksw.c:124: 錯誤：expected 「;」 before 「e」
ksw.c:125: 錯誤：「h」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:125: 警告：隱含宣告函式「_mm_load_si128」
ksw.c:126: 警告：隱含宣告函式「_mm_slli_si128」
ksw.c:134: 警告：隱含宣告函式「_mm_adds_epu8」
ksw.c:134: 錯誤：「S」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:135: 警告：隱含宣告函式「_mm_subs_epu8」
ksw.c:136: 錯誤：「e」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:137: 警告：隱含宣告函式「_mm_max_epu8」
ksw.c:138: 錯誤：「f」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:139: 錯誤：「max」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:161: 警告：隱含宣告函式「_mm_movemask_epi8」
ksw.c:161: 警告：隱含宣告函式「_mm_cmpeq_epi8」
ksw.c:167: 警告：隱含宣告函式「_mm_srli_si128」
ksw.c:167: 警告：隱含宣告函式「_mm_extract_epi16」
ksw.c: In function 「ksw_sse2_8」:
ksw.c:208: 錯誤：「__m128i」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:208: 錯誤：expected 「;」 before 「zero」
ksw.c:219: 錯誤：「zero」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:220: 錯誤：「gapoe」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:220: 警告：隱含宣告函式「_mm_set1_epi16」
ksw.c:221: 錯誤：「gape」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:222: 錯誤：「H0」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:222: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「H0」的成員
ksw.c:222: 錯誤：「H1」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:222: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「H1」的成員
ksw.c:222: 錯誤：「E」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:222: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「E」的成員
ksw.c:222: 錯誤：「Hmax」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:222: 錯誤：「ksw_query_t」沒具名為「Hmax」的成員
ksw.c:232: 錯誤：expected 「;」 before 「e」
ksw.c:233: 錯誤：「h」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:236: 警告：隱含宣告函式「_mm_adds_epi16」
ksw.c:236: 錯誤：「S」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:237: 錯誤：「e」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:238: 警告：隱含宣告函式「_mm_max_epi16」
ksw.c:239: 錯誤：「f」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:240: 錯誤：「max」未宣告 (在此函式內第一次使用)
ksw.c:242: 警告：隱含宣告函式「_mm_subs_epu16」
ksw.c:258: 警告：隱含宣告函式「_mm_cmpgt_epi16」
make: *** [ksw.o] Error 1

遇到這個錯誤的時候

請進入bwa-0.6.2.資料夾中打開 Makefile修改內容

輸入 vim Makefile

>

CC= gcc
CXX= g++
CFLAGS= -g -Wall -O2
CXXFLAGS= $(CFLAGS)
AR= ar
DFLAGS= -DHAVE_PTHREAD #-D_NO_SSE2 #-D_FILE_OFFSET_BITS=64
LOBJS= bwa.o bamlite.o utils.o bwt.o bwtio.o bwtaln.o bwtgap.o bntseq.o stdaln.o \
bwaseqio.o bwase.o kstring.o
AOBJS= QSufSort.o bwt_gen.o \
is.o bwtmisc.o bwtindex.o ksw.o simple_dp.o \
bwape.o cs2nt.o \
bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o \
bwtsw2_chain.o fastmap.o bwtsw2_pair.o

...........

請將

DFLAGS= -DHAVE_PTHREAD #-D_NO_SSE2 #-D_FILE_OFFSET_BITS=64

修改為

DFLAGS= -DHAVE_PTHREAD -D_NO_SSE2 #-D_FILE_OFFSET_BITS=64

離開並存檔 ESC + :wq

在bwa-0.6.2資料夾中重新編譯

make

就可以完成安裝

如果是進行sequencing 相關的bioinformatic的人多多少少會接觸到Illumina的資料

Illumina本身也有推出一套可以進行alignment的軟體稱之為CASAVA

該軟體現階段更新至 version 1.8.2版本而該軟體就需要用到Boost

這也是本人第一次遇到要安裝Boost

其實安裝boost這個C++函式庫的方式並不難,

但是對於一個linux新手來說還是會搞得一個頭兩個大

下面就是一步一步的用最精簡的方式完成boost的安裝

首先進入Boost網站中下載的頁面,選擇最新的Current Release

點入Download的頁面中,會有四種壓縮格式bz, 7z, zip及gzip, 我這邊使用gzip格式說明

首先進入LINUX中

1.首先下載檔案

wget http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.50.0/boost_1_50_0.tar.gz/download

2.解壓縮

tar -xzvf boost_1_50_0.tar.gz

3.進入解壓縮完的資料夾

cd boost_1_50_0

4. 導出boost的編譯器

執行 ./bootstrap.sh

5. 進行編譯安裝(預設安裝在/usr/include)

./bjam " "-sTOOLS=gcc" "--includedir=/usr/include" "--libdir=/usr/lib/boost" install

接下來就完成了

如果有要使用ABySS這個程式進行de novo assembly

那boost也將是你必須安裝的程式

Ｐ仔的美食天地

Languages Translated

2012年8月9日星期四

安裝BWA過程中可能出現的錯誤

linux下如何安裝Boost

2012年5月31日星期四

一個特別的島